La biodiversité des milieux aquatiques et humides est très riche. Les cours d’eau sont des écosystèmes dynamiques qui se transforment au gré des saisons et abritent des habitats naturels variés, tant pour des espèces animales que végétales. Certaines y effectuent l’intégralité de leur cycle de vie, tandis que d’autres y viennent seulement une courte partie de l’année. Toutes ces espèces jouent un rôle primordial dans la chaîne alimentaire du cours d'eau. Maintenir cette biodiversité est indispensable pour l’équilibre du milieu.
Cette biodiversité fragile subit différentes perturbations notamment par les activités humaines (urbanisation, agriculture intensive, pollutions diffuses, artificialisation des zones humides, …)
Le rôle du SMVA est de restaurer ces milieux aquatiques pour retrouver des fonctionnalités naturelles mais également pour préserver les espèces inféodées à ces zones naturelles.
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